O governo federal, por meio do Ministério das Cidades, regula todo o programa, desde o enquadramento do público a ser atendido, as revisões do Minha Casa Minha Vida e as regras dos operadores do sistema (Caixa Econômica Federal, Banco do Brasil, estados e municípios, principalmente). Ao todo, o investimento já realizado deve atingir a cifra de R$ 234 bilhões ao longo dos cinco anos. Só em 2009, o valor foi de R$ 12,1 bilhões. Os financiamentos do Programa ocorrem em duas modalidades. A primeira delas é ligada à produção, no qual uma construtora assume a execução do empreendimento, com financiamento da Caixa. Os recursos para as obras são liberados a partir da conclusão de cada estágio. Isso significa que o acompanhamento da obra pelo banco está implícito na execução do Programa. A Caixa fiscaliza e paga cada etapa da obra.
A segunda modalidade é o financiamento direto ao mutuário. Nesse tipo de financiamento, a Caixa não fiscaliza o andamento da obra. Os recursos do financiamento são liberados direto ao mutuário e o imóvel é a garantia do empréstimo. Dois tipos de público são atendidos pelo Minha Casa, Minha Vida: o urbano, pelo Programa Nacional de Habitação Urbana (PNHU), executado pelas construtoras nas cidades; e o rural, por meio do Programa Nacional de Habitação Rural (PNHR), executado com entidades organizadoras e prefeituras. O programa inclui uma terceira modalidade, chamada de MCMV Entidades, que são os projetos feitos com a participação de movimentos sociais.
