Apesar do aumento na ausência dos inscritos, Camilo destacou que a edição deste ano transcorreu sem intercorrências relevantes, com apenas problemas pontuais, principalmente ligados à falta de energia. Candidatos afetados poderão solicitar a reaplicação do exame. Ao todo, 4,8 milhões de estudantes se inscreveram para esta edição.
O segundo dia contou com 45 questões de Ciências da Natureza e 45 de Matemática, abordando desde temas ligados ao cotidiano até conteúdos clássicos do currículo escolar. Entre os assuntos cobrados estiveram o lagarto do deserto dos EUA usado na pesquisa do Ozempic, mudanças climáticas, produção de vacinas, poluição por óleo nos oceanos e fenômenos físicos explicados em tirinhas da Turma da Mônica. Já em Matemática, apareceram tópicos como desempenho de combustíveis, proporções em jogos digitais, estatística, funções, trigonometria e análise de gráficos.
As provas foram aplicadas em 1.804 municípios, com exceções: cidades do Pará, por causa da COP30, e Rio Bonito do Iguaçu (PR), que teve as datas alteradas devido aos danos de um tornado. O resultado final do Enem 2025 está previsto para o início de 2026.

